Кроме инвестиционных институтов и коммерческих банков к профессиональным участникам фондового рынка относятся также специализированные расчетно-депозитарные организации, реестродержатели, а также институты, имеющие лицензию организаторов торговли ценными бумагами - фондовые биржи и внебиржевые торговые системы. Эта группа институтов составляет инфраструктуру фондового рынка. Некоторые виды деятельности инфраструктурных организаций не признаются видами коммерческой деятельности (деятельность по организации торговли), таким институтам запрещены не только собственные торговые операции на фондовом рынке (бирже), но даже собственные инвестиции в ценные бумаги.

При заключении сделки с ценными бумагами происходит передача прав собственности от одного владельца бумаг к другому. Из этого следует, что при переходе прав собственности на именные ценные бумаги реестродержатель эмитента (организация, которая ведет реестр владельцев именных эмиссионных ценных бумаг) должен внести соответствующие изменения в реестр. Эта процедура упрощается за счет депозитария (кастодиана) – института, которому участники биржевой торговли передают ценные бумаги своих клиентов на хранение до момента их продажи. Ценные бумаги каждого клиента каждого брокера – участника торгов учитываются на отдельном счете, который называется счетом депо. При передаче бумаг от одного собственника к другому депозитарий делает записи на соответствующих счетах.

Для упрощения этой процедуры реестродержатель может открыть в реестре счет одному депозитарию вместо множества владельцев. Это особо важно, если у эмитента много акций в обращении и много мелких владельцев. Процедура открытия счета депозитарию в системе ведения реестра называется методом номинального держания ценных бумаг. Бумаги клиентов учитываются в реестре на счете номинального держателя, который не является владельцем.

Банковские депозитарии в России можно условно разделить на чисто российские и принадлежащие крупным иностранным банкам. Количество дееспособных российских кастодианов значительно сократилось после кризиса. Несмотря на жесткие конкурентные условия, банки-кастодианы будут продолжать развиваться, и до конца 2000 года должно произойти их окончательное позиционирование на рынке. Некоторые крупные и средние российские банки сейчас активно развивают депозитарные услуги, но на "раскрутку" этого продукта необходимо значительное время и ресурсы. С учетом отмеченной ранее тенденции к консолидации бизнеса, представляется, что число кастодиальных банков не достигнет докризисного уровня. Вероятно, начнется естественное расслоение кастодианов на универсальные и узкоспециализированные.

По законодательству, брокер также может выступать номинальным держателем ценных бумаг, принадлежащих его клиентам, в депозитариях или регистраторах (реестродержателях), осуществляющих учет прав на ценные бумаги. В свою очередь, депозитарий, ведущий учет прав на совокупность ценных бумаг, принадлежащих одному лицу, выступает номинальным держателем этих бумаг перед регистраторами, ведущими реестры владельцев ценных бумаг по каждому из эмитентов. Регистратор же непосредственно взаимодействует с эмитентом при осуществлении корпоративных действий.

С целью надлежащего информационного обмена между эмитентами и владельцами ценных бумаг, необходимого для реализации последними прав, вытекающих из ценных бумаг, каждый из участников цепочки «брокер-депозитарий-регистратор-эмитент» обязан своевременно предоставлять сведения о владельцах ценных бумаг, находящихся в их номинальном держании, а также доводить до сведения клиентов корпоративную информацию, исходящую от эмитента, в порядке, регламентированном соответствующими нормативными актами.